Im Jahr 1990 bildete sich in Goldach eine überkonfessionelle Gebetsgruppe, die sich regelmässig traf. Einige Jahre später ergriff die FEG Rheineck, unter Leitung von Pastor Gust Ledergerber, die Initiative für die Gründung einer Freien Evangelischen Gemeinde in Goldach. Nach anfänglichen 14-täglichen Treffen ab Sommer 1996 fand am 3. November deselben Jahres der erste Sonntagsgottesdienst in der Aula der Musikschule Goldach statt. Vier Monate später, am 19. März 1997 wurde schliesslich der Verein „Freie Evangelische Gemeinde Goldach“ gegründet. Von Anfang an strebte man die Anstellung eines Pastors an. Aus finanziellen Gründen war dies, trotz der grosszügigen Unterstützung seitens der FEG Rheineck, nur im Rahmen eines 50% Pensums möglich. Bereits nach 18 Monaten legte der erste Pastor, Stefan Baumeler, aufgrund der Doppelbelastung von Beruf und Gemeinde sein Amt nieder. Die Gemeinde war daraufhin während zwei Jahren ohne Pastor. Im Sommer 2001 konnte dank der Unterstützung des Bundes Freier Evangelischer Gemeinden in der Schweiz, Pastor Daniel Rath mit einem 100% Pensum angestellt werden.
In den folgenden Jahren entwickelte die Gemeinde eine gemeinsame Vision, die sie im Motto "Gemeinde, wo Gottes Liebe Kreise zieht" zusammenfasste. Es folgte der Aufbau des Familienzentrums, aus dem Anliegen heraus, den Bedürfnissen der Familien in Goldach zu dienen. In diesen Zusammenhang wurden auch die Gemeinderäume an die Löwenstrasse 7 verlegt. Zwischenzeitlich ist die Gemeinde weiter gewachsen. Seit Januar 2010 beschäftigt die FEG Goldach zwei Pastoren im Teilzeitpensum mit unterschiedlichen Aufgabenschwerpunkten, um so den unterschiedlichen Bedürfnissen des Gemeindeaufbaus noch besser gerecht werden zu können