Die reformierte Kirchgemeinde Rupperswil zählt ca. 1820 Mitglieder und wächst mit dem Dorf mit. Sie wird von einem 120% Pfarramt betreut. Zur Unterstützung der administrativen Arbeiten ist eine Sekretariatsstelle eingerichtet. Zwei Katechetinnen unterrichten die Kinder und zwei Organisten teilen sich den Orgeldienst. Der Sigrist ist zugleich auch Hauswart der kirchlichen Gebäude und pflegt die Gartenanlage. Sehr viel Arbeit wird jedoch von freiwillig Mitarbeitenden geleistet und der Gemeinde geschenkt.
Die Leitung der Kirchgemeinde ist die Kirchenpflege, bestehend aus sechs gewählten Mitgliedern. Die Pfarrer sind von Amtes wegen an der Leitung beteiligt (partnerschaftliche Gemeindeleitung).